一日，皇上私下带着宫廷太监总管包公公微服出巡，一行来到竹山县想借此之行顺道见见思念已久的女儿凝香。途中他们遇见打劫贡船的海盗。皇上见此，只身上船帮助官兵抗贼，未料反被押船官朱魁误伤落入水中。受伤的皇上被俞慧心救起。阴错阳差之中，皇上反被误认为水寇首领——混江龙……
无敌县令分集介绍 第2集因贡船于竹山县被劫，竹山县令杭铁生难辞其咎。密谋夺权的王爷封锁消息，企图置皇帝于死地，遂指派太监崔洁押解铁生进京问罪。途中巧遇凝香，铁生方知原来凝香未死，且凝香亦表明愿陪同铁生一同入京……
无敌县令分集介绍 第3集因铁生失职之故，朝廷遂指派朱魁接替其职四处捉拿水寇。此时，被误认为水寇首领的皇上亦被朱魁擒获。而无意间发现皇上身份的崔公公，为助王爷夺权大计，便暗令不知情的朱魁欲除去皇上。铁生只得乔装打入水寇内部，并最终赢得首领混江龙的信任。
无敌县令分集介绍 第4集险遭朱魁诛杀的皇上跳河脱逃，幸运地被凝香救起。而寒星得知皇上乃杀父仇人后，侍机杀之。因皇上久未上朗，朝中大臣们议论纷纷。此时，朝中大臣严峰与王爷暗中起了无形的争斗。就在同时，乔装成水寇的铁生亦发现崔公公与混江龙私下有互通之嫌，案情逐渐明朗……
无敌县令分集介绍 第5集在此同时，凝香发现崔公公是叛徒，遂联合铁生用计逼得崔公公在朱魁面前道出了与混江龙勾结之事。就在事件逐渐明朗之际，大臣严峰得知皇上微服出巡身陷危难中，而这一连串不寻常的事件，乃是王爷为谋夺帝位所预先设好的陷阱……
无敌县令分集介绍 第6集心系皇上安危的严峰，连夜赶赴竹山县协助铁生办案，与此同时，一向诡计多端的王爷却发现了严峰与梅妃两人之间微妙的关系。而同时，为报灭门血恨，寒星以皇上生命相要挟，逼迫凝香让出铁生。身处两难的凝香在其胁迫下，只好假传皇上旨意要求铁生迎娶寒星。
无敌县令分集介绍 第7集自皇上误遭朱魁所伤落水后，包公公为求自保只得乔装成水寇寻找皇上。在一次偶然机会中，他被寒星捉住，要其为皇上看病。寻得满身是伤的皇上后，包公公便暗中寻找俩人逃脱的机会。
无敌县令分集介绍 第8集因梅妃暗中打探出崔公公等人的消息，并将其告知铁生，遂逼得崔公公在混江龙面前露出了狐狸尾巴。混江龙虽为水寇首领，却是正直之人，他气愤之余，遂与铁生联手寻求皇上下落。在此同时，洋洋得意的寒星在婚礼即将举行的前一刻，得知铁生与混江龙正打探着皇上下落，气愤之余，在众人面前举刀向皇上咽喉刺去……
无敌县令分集介绍 第9集复仇失败的寒星被活捉押解进京问斩。临刑前，皇上大义之词打动了寒星。寒星心生愧意，自刎于众人面前。而王爷见阴谋败露，用计逼迫崔公公服毒自尽以求自保。同时，他也知道了在梅妃的身世之谜中，一个叫一枝梅的琴师，是了解梅妃与严峰的关键人物，于是进言皇上召此人进宫奏琴献艺，以便了解整个事件。
无敌县令分集介绍 第10集在皇宫庆贺皇上历尽劫难归来的大宴上，皇上龙心大悦赐梅妃一颗世间罕有的夜明珠。正当大家观赏之际，突然灯火全灭，夜明珠被人盗走，而现场只遗留一朵梅花。皇上大怒，乃派包公公至竹山县追查一枝梅。暗地里，严峰深知王爷邀请一枝梅进宫一事乃为了查探出本身与梅妃之间不可告人之密，为怕东窗事发，决意除去一枝梅以绝后患。
无敌县令分集介绍 第11集在包公公严厉要求下，铁生只得按指示四处捉拿一枝梅归案。在公堂一番审问下，铁生深知其中案情复杂，一支梅并非盗贼，遂将其当场释放。包公公得知大怒，遂以圣上钦点钦差身份罢其县令之职，改为补头之衔，另指派师爷陆彦青代为县令。
无敌县令分集介绍 第12集凝香得知另一“戏子一枝梅”手上握有失窃夜明珠，待其将夜明珠交付凝香之时，“戏子一枝梅”亦遭不明杀手杀害。而铁生等人赶至戏班子时，方知此一事件绝非单纯“失窃”那么简单，深觉一枝梅乃关键人物。无奈，无知的包公公邀功心切，切处处作梗。铁生惟有暗中与凝香商议，前往一枝梅出入处——“赌坊”一探究竟。
无敌县令分集介绍 第13集为探案情而误入严峰心腹大将程万里陷阱的凝香，被程万里威胁要地交出一枝梅作为交换条件。铁生得知凝香生命危险，于是在押解一枝梅进京问罪途中，再次反抗包公公，并强行带走一枝梅以解救凝香……
无敌县令分集介绍 第14集经包大海之手夜明珠终物归原主，却也因一枝梅之死，牵连着铁生母子俩。皇上决意御审此案，另嘱王爷与严峰两人共同参与审问。此时，王爷因急于置铁生于死罪，遂向严峰、梅妃两人表明真相，道出已知梅妃真实身份，要挟两人就范……
无敌县令分集介绍 第15集因一枝梅说出真相，逼得严峰不得不打算与其同归于尽以求梅妃身世之谜不被揭开。万念俱灰的严峰听信梅妃之言，遂向王爷低头以求两人自保。王爷献计，打算将关进天牢的铁生、一枝梅同时炸死， 进而夺取大宋江山。严峰正义感油然而生，只身进入大牢，将铁生、一枝梅救起。
无敌县令分集介绍 第16集因慧心一句无心之话，铁生茅塞顿开，暗中用计让慧心带琴入宫会见梅妃，进而探出梅妃心思，得知梅妃与严峰有着一段不可告人的秘密。再由凝香安排，使得一枝梅与梅妃见面，梅妃见事情败露，缓密道出多年来埋藏心中的秘密……
无敌县令分集介绍 第17集(大结局)金銮殿上，一枝梅为了保全梅妃而乱言欺骗皇上，但仍蒙蔽不了皇上，事情最后真相大白。梅妃惭愧地自绝于皇上面前，而深明大义的严峰临死前，亦决意与王爷同归于尽。(全剧终)
